В авианосец "Кага" попало четыре 454 кг. бомбы с пикирующих бомбардировщиков SBD "Донтлесс", ещё пять разорвались в воде рядом с кораблем. Взрывы бомб вызвали пожары на палубах и в ангарах, вынудив экипаж покинуть корабль. На оставленном командой корабле произошёл взрыв танков с авиабензином, что стало причиной его гибели. "Кага" затонул через 9 часов после налёта. Из 2016 членов экипажа 800 погибли или пропали без вести.

"Хирю" был тяжело повреждён: в него попало четыре 454 кг. бомбы, такое же число разорвалось в воде у бортов. На корабле начались пожары, через 4 часа вода затопила машинное отделение, после чего экипаж был снят. Утром 5 июня "Хирю" был потоплен торпедами эсминцев эскорта. На авианосце погибло 416 человек вместе с командиром 2-й дивизии авианосцев контр-адмиралом Ямагути. Самурайская традиция вдохновила его привязать себя к мостику тонущего авианосца.

В "Сорю" попало три 454-кг бомбы, начались пожары. Спустя 30 минут экипаж начал покидать авианосец, а еще через 8 часов корабль взорвался и затонул.

В 10:25 первая 454 кг. бомба сдетонировала в воде в 10 метрах от борта авианосца "Акаги", залив полетную палубу и внутренние помещения корабля потоками воды. Вторая бомба разорвалась в районе центрального подъемника, повредив полетную палубу. Взрыв бомбы уничтожил несколько самолетов, стоявших на палубе и в ангарах, другие машины загорелись. В 10:29 начали детонировать торпеды, подвешенные на горящих самолетах. Подготовленные к взлету торпедоносцы разлетелись на куски. Разлившееся по палубе горящее топливо вызвало пожар - огонь начал стремительно распростра­няться по кораблю. В 10:46 вице-адмирал Нагумо вместе со своим штабом покинули корабль. Около 11:35 сдетонировали склад авиационных торпед и артпогреба на баке авианосца. Эвакуация раненных на крейсер "Нагара" завершилась к 11:30. 5 июня в 3:50 адмирал Ямамото приказал затопить агонизирующий авиа­носец. Четыре эсминца выпустили торпеды по беззащитному кораблю. В 4:55 "Акаги" скрылся в волнах Тихого океана. Всего из 1630 членов экипажа "Акаги" погибло и пропало без вести 221 человек, в том числе всего 6 пилотов.

5 июня 1942 года крейсер "Микуми" при маневрах эскадры, которая готовилась к бою, в результате ошибки маневрирования был протаранен крейсером "Могами". Поврежденные крейсера начали уходить из зоны действия авиации американцев. 6 июня они были обнаружены и атакованы пикировщиками "Донтлесс" и "Виндикейтор". Но плотный огонь зениток не позволил провести прицельное бомбометание. Один из подбитых "Виндикейторов" врезался в орудийную башню №4 "Микуми". 7 июня между 06:45 и 11:45 крейсера были атакованы тремя волнами "Донтлессов", вооруженных 227 кг. и 454 кг. бомбами. В 9:30 в "Микума" попало не менее пяти бомб: первая - в башню №3, вызвав повреждения носовой надстройки, где несколько человек, включая командира капитана 1 ранга Сакао Сакияма, было убито и ранено; две бомбы затем попали в носовое машинное отделение (МО) правого борта и еще две - в кормовое МО левого борта, вынудив крейсер остановиться. Эти же бомбы вызвали большой пожар в торпедном отделении, в результате которого в 10:55 взорвались торпеды. Этот взрыв полностью разрушил корабль. Эсминец "Арасио" попы­тался приблизиться для снятия экипажа. С "Микумы" сняли 240 человек, погибло - 650. Вечером 7 июня "Микуми" затонул.